Zbiory danych osobowych systemu ePUAP są zgłoszone Generalnemu Inspektorowi Ochrony Danych Osobowych. Wszystkie dane systemu są chronione przez zaawansowane zabezpieczenie programowe i sprzętowe, a podczas przesyłania pomiędzy użytkownikiem i ePUAP są szyfrowane.
Patrz: https://epuap.gov.pl/wps/portal/strefa-klienta/nota-prawna