Jedną z funkcjonalności pozwalających na pełne wykorzystanie ePUAP, jest możliwość integracji z systemami  zewnętrznymi  zarówno usługodawców, jak i usługobiorców.  Integracja umożliwia łączenie ze sobą różnorodnych aplikacji i tym samym automatyzację i uproszczenie wymiany danych.

Pomoc dla integratorów ma za zadanie udostępnić niezbędną wiedzę dotyczącą integracji systemów zewnętrznych z platformą ePUAP, jak również dostarczyć przykładowych rozwiązań oraz umożliwić wygodny kontakt z zespołem ePUAP.
W celu zapewnienia otwartości rozwiązania, stosowane są standardowe mechanizmy komunikacji poprzez usługi sieciowe (ang. Web Services), z wykorzystaniem ogólnego uniwersalnego interfejsu.

W ramach integracji z ePUAP występują poziomy:

1.    Wysyłanie, odbieranie, doręczanie dokumentów,
2.    Płatności,
3.    Słowniki - pobieranie danych ze słowników, z wyłączeniem ich aktualizacji,
4.    Pobieranie informacji o wybranym podmiocie,
5.    Subskrybcja zdarzeń (otrzymywanie powiadomień przy wystąpieniu pewnych zdarzeń, np. Modyfikacja ustawień),
6.    Zarządzanie dokumentami w składzie,
7.    KUP: import/eksport opisu usługi w KUP dla własnych usług, wyszukiwanie usług wg dostępnych kryteriów,
8.    SSO (single sign-on) czyli przekazywanie tożsamości.